Sepuluh tahun telah berlalu sejak akhir Bakumatsu, era perang yang menyaksikan pemberontakan warga melawan Keshogunan Tokugawa. Kaum revolusioner ingin menciptakan masa damai, dan negara berkembang bebas dari penindasan. Era baru Meiji telah tiba, namun kedamaian belum juga tercapai. Pedang dilarang tetapi orang masih dibunuh di jalanan. Anak yatim piatu veteran perang tidak punya tempat tujuan, sementara pemerintah tampaknya puas hanya memenuhi kantong mereka dengan uang.
Seorang samurai pengembara, Kenshin Himura, masih bekerja untuk memastikan nilai-nilai yang dia perjuangkan sepadan dengan nyawa yang dihabiskan untuk mewujudkan era baru. Pernah dikenal sebagai Hitokiri Battousai, dia ditakuti sebagai pembunuh paling kejam dari semua revolusioner. Sekarang dihantui oleh rasa bersalah, Kenshin telah bersumpah untuk tidak pernah membunuh lagi sebagai penebusan atas nyawa yang dia ambil, dan dia mungkin tidak akan pernah tahu kedamaian sampai membunuh adalah masa lalu.
Sekarang di tahun ke-11 Meiji, Kenshin menemukan Kaoru Kamiya, pemilik dan instruktur kepala dojo kecil yang diancam akan ditutup. Kepolisian tidak berdaya untuk menghentikan serangkaian pembunuhan yang dilakukan atas nama dojo-nya oleh seorang pria yang mengaku sebagai Battousai yang terkenal. Pengembaraan Kenshin terhenti untuk saat ini saat dia bergabung dengan Kaoru untuk membersihkan kedua nama mereka. Tapi berapa lama dia bisa tinggal sebelum masa lalunya menyusulnya?
Anime ini adalah remake dari Rurouni Kenshin yang pernah rilis pada tahun 1996-1998.
